La joven Universidad de Alcalá ha asumido importantes proyectos en Guadalajara, tanto en docencia como en investigación y cultura. La implantación de la enseñanza universitaria ha sido posible gracias a la cooperación de diferentes organismo y ha requerido un esfuerzo en la creación y dotación de infraestructuras. De nuevo la estrategia de la Universidad ha sido la rehabilitación de edificios históricos en las poblaciones de Pastrana, Sigüenza, Atienza, Molina de Aragón, Brihuega y la propia capital, Guadalajara.

Se crea así una base universitaria para el territorio alcarreño con centros de investigación, cursos de verano, sedes de seminarios y congresos, hospederías universitarias para acoger actividades científicas, culturales o de recreo, cursos monográficos y especializados, etc. En esta línea de futuro hay planes y programas para establecer nuevos estudios, continuar la recuperación de edificios y dotar nuevos espacios educativos.