El campus de la ciudad de Guadalajara está formado por la Escuela Universitaria de Enfermería del INSALUD, con las diplomaturas en Enfermería y Fisioterapia; el Hospital General Universitario de la capital, donde se cursa el ciclo clínico de la licenciatura de Medicina; la E.U. de Formación del Profesorado de E.G.B., con cinco especialidades de magisterio y el Edificio Multidepartamental, que incluye la E.U. de Estudios Empresariales, la E.U. de Arquitectura Técnica y la E.U. de Turismo (Estudios Universitarios de Hostelería).

El Paraninfo de la Universidad de Alcalá en Guadalajara se ubica en la antigua iglesia de los Remedios del convento de las Doncellas, fundado en el siglo XV; hoy día este edificio es un salón polivalente para los actos universitarios más importantes de la Universidad alcalaína.