Jerónimo Huerta (m. 1633) fue médico de cámara de Felipe IV, además de escritor que estudió en Alcalá y en esta ciudad dio a la imprenta su novela de caballerías Florando de Castilla (1588).
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Miguel de Cervantes Saavedra (1547-1616) nació en Alcalá de Henares casi con seguridad, hijo de Rodrigo de Cervantes y Leonor de Cortinas, como reza el acta de bautismo de la Parroquia de Santa María la Mayor de fecha 9 de octubre de 1547, lo que hace suponer que nació el 29 de septiembre, festividad de San Miguel. Su agitada vida y su obra única han sido estudiadas por innumerables especialistas, siendo uno de los escritores que más bibliografía ha producido de cualquier época o lengua. El Quijote pasó el testimonio de erratas en el Colegio de Teólogos alcalaino, y La Galatea vio la luz en una imprenta de la calle Libreros.
Alcalá apenas aparece en sus obras. En Don Quijote de la Mancha, cita:
Capítulo XXIX, Que trata de la discreción de la hermosa Dorotea, con otras cosas de mucho gusto y pasatiempo
[Diálogo entre don Quijote y el cura]
Eso no consentiré yo en ningún modo -dijo el cura-: estese la vuestra grandeza a caballo, pues estando a caballo acaba las mayores fazañas y aventuras que en nuestra edad se han visto; que a mí, aunque indigno sacerdote, bastaráme subir en las ancas de una destas mulas destos señores que con vuestra merced caminan, si no lo han por enojo. Y aun haré cuenta que voy caballero sobre el caballo Pegaso, o sobre la cebra o alfana en que cabalgaba aquel famoso moro Muzaraque, que aún hasta ahora yace encantado en la gran cuesta Zulema, que dista poco de la gran Compluto.
Y en el Segundo libro de La Galatea, ambientada en las riberas del Henares:
Si los oídos no me engañan, hermosas pastoras, yo creo que tenéis hoy en vuestras riberas a los dos nombrados y famosos pastores Tirsi y Damón, naturales de mi patria; a lo menos Tirsi, que en la famosa Compluto, villa fundada en las riberas de nuestro Henares, fue nacido.
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La Biblia Políglota dio prestigio internacional a la Universidad y abrió una etapa de modernidad en la vida intelectual española, dominada por el fenómeno religioso. Tan magna obra atrajo a la ciudad a muchos alumnos y también a impresores como Miguel de Eguía, Andrés Angulo, Pedro y Francisco Robles, Juan Íñiguez o Juan Gracián; se imprimieron las obras de éxito del momento: teología de Cipriano de Huerga o Juan de Medina, poesía de Camoens o 