Reconocido helenista español, conocido también por los sobrenombres de el Pinciano y el Comendador Griego. Sucesor de Demetrio Ducas en la cátedra de griego en la Universidad de Alcalá a partir de 1519, tuvo que abandonar esta ciudad tras la persecución de que fue víctima por su posición en los sucesos de la revuelta de las Comunidades y su adscripción erasmista; posteriormente ejerció como profesor en Salamanca, a cuya universidad se incorporó en 1523. Estuvo también en Granada al servicio del conde de Tendilla. En 1508 recogió y glosó en romance un buen número de refranes y adagios, repertorio paremiológico que apareció publicado por primera vez en Sevilla, y posteriormente como Refranes o proverbios en romance (Salamanca, 1555), y en 1509 tradujo al castellano la Historia de Bohemia de Enea Silvio Piccolomini. Con finalidad didáctica apareció en 1519 la edición, con texto griego y latino, de la carta A los muchachos cristianos de San Basilio preparada por él. Pese a que Núñez de Guzmán atrajo pronto la atención del cardenal Cisneros, su aportación al proyecto de la Biblia Políglota, en la cual estuvo trabajando antes de obtener la cátedra de griego, se limitó a la colaboración en la edición en griego del Nuevo Testamento. Más consagrado a la filología clásica propiamente dicha que a la bíblica, gran conocedor de las lenguas hebrea y árabe además del latín y el griego, Núñez destacó por sus trabajos de crítica textual sobre pasajes de Teócrito y Séneca, y particularmente por sus notas a Pomponio Mela y Plinio el Viejo, autores éstos en torno a los cuales giró buena parte de su actividad docente en Salamanca y sobre quienes redactó unas Castigationes in Pomponium Melam y unas Observationes in C. Plinii Historiae Naturalis libros, aparecidas entre 1543 y 1545, declarándose en el prólogo a sus notas a Plinio deudor de los trabajos del veneciano Ermolao Barbaro; importantes son también sus comentarios y glosas al Laberinto de Fortuna o Las Trescientas de Juan de Mena (1509) y sus estudios sobre San Jerónimo. Núñez de Guzmán es buen exponente de una primera generación de estudiosos humanistas cuya actividad filológica está íntimamente ligada a la docencia universitaria.