La decadencia se inicia en el último tercio del siglo XVII. Coincidiendo con el colapso político que se produce en el reinado de Carlos II, Alcalá fue perdiendo su carácter universitario. Durante los siglos XVIII y XIX la ciudad quedó paralizada y, tras la Guerra de la Independencia, el gobierno dictaminó el cierre de la Universidad y su traslado a Madrid en 1836, a la vez que la desamortización de Mendizábal provocaba el cierre de numerosos conventos y colegios. Afortunadamente, los alcalaínos constituyeron en 1851 la Sociedad de Condueños, que salvó a la Universidad del expolio.

Pocos años después comenzó la recuperación de la ciudad. Sin embargo, la Guerra Civil volvió a cortar de raíz su progreso, lo que supuso un desastre para muchos de los palacios, iglesias, conventos y colegios alcalaínos.

Hoy, tras la recuperación de la Universidad en 1977, las labores de restauración y el desarrollo industrial de las últimas décadas, la ciudad de Alcalá de Henares vive un alentador proceso de expansión económica, cultural y turística, culminado el 2 de diciembre de 1998, fecha en la que Alcalá es declarada Ciudad Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO “en reconocimiento a su historia como capital de las Letras y las Ciencias durante el Renacimiento y el Siglo de Oro".