Históricamente Alcalá de Henares ha sido una ciudad muy importante. Crisol de civilizaciones, su origen se pierde en lo legendario. Las primeras noticias sobre asentamientos humanos de los que se tiene constancia datan de un Neolítico ya avanzado, de época posterior. Existen pruebas de asentamientos estables pertenecientes a la cultura del Bronce en los cerros del Viso y del Ecce-Homo, y en la Esgaravita. Durante la Edad de Hierro esta región alcanza ya cierta importancia y una densidad de población considerable que, sin duda, fue la base de asentamientos posteriores.

A continuación, en el siglo V a.C., se estableció un asentamiento de Carpetanos en la cima del cerro del Viso; hay quien considera éste emplazamiento como el lugar de localización de la mítica Iplacea, asentamiento celtíbero fundado por los soldados fenicios huidos de la destrucción de Troya allá por el siglo II a.C. En cambio, son muchos los que niegan la existencia de esta legendaria ciudad, alegando que se trata de un mito.

Con el nacimiento de la antigua Complutum, una urbe romana fundada en el cerro de San Juan del Viso aproximadamente en el año 80 a.C. y que duró más de cuatro siglos, se alcanzó el primer signo del esplendor y grandeza, que se mantuvo durante el periodo visigodo.

En época de Augusto, Complutum adquirió gran importancia por su valor militar y como nudo de comunicaciones. Posteriormente, en el siglo II a.C., la población comenzó a descender al pie del cerro en busca de una zona más fértil y mejor comunicada. Su trazado es el típico de una de una ciudad romana, que arranca del campamento militar con dos calles principales que se cruzan, cardo y decumano.

Respecto al origen del nombre de Complutum se dan dos teorías: la menos probable es la legendaria, que habla del término griego Komposplutos (campos ricos); la otra, más aceptable y fiable, nos lleva al término latino compluvium (confluencias de aguas), en clara alusión a los ríos que se unían en la zona (Henares, Camarmilla, Torote y Buñuelas) y a la existencia de lagunas en los alrededores.

En el año 305, en tiempos del emperador Diocleciano, tuvo lugar el martirio de los niños cristianos Justo y Pastor, más conocidos como “Los Santos Niños”. El descubrimiento de sus restos, ya en la época visigótica, dió un impulso importantísimo a la ciudad.