Perteneciente a una de las más selectas familias judías de Toledo, Vergara, afamado helenista, se cuenta entre los eruditos que trabajaron en la Biblia Políglota Complutense auspiciada por el Cardenal Cisneros en colaboración con conversos como Pablo Coronel, Bartolomé de Castro, Diego López de Zúñiga o Alfonso de Zamora. Ejerció la Cátedra de Filosofía en la Universidad de Alcalá. Fue secretario particular de Cisneros y de su sucesor, el arzobispo Alfonso de Fonseca, estando también cerca de Juan de Valdés durante su época de estudiante en Alcalá. Gran admirador del humanista Erasmo de Rotterdam, llegó a relacionarse con él durante su estancia en Flandes. A su regreso a España, se encargó de transmitir las ofertas de la Universidad de Alcalá a Luis Vives para la Cátedra de Retórica. Intervino en las controversias teológicas, filológicas y filosóficas de la época. Tras la muerte de Fonseca, arzobispo de Toledo, que protegía a Vergara, la suerte de éste cambió y sus enemigos buscaron la manera de acabar con él; se le llegó a procesar, pero a pesar de los cargos contra él por luterano y erasmista fue absuelto. Tradujo los libros sapienciales de la Biblia del hebreo al latín y contribuyó a la reforma de la filosofía aristotélica, traduciendo del griego al latín varias obras suyas.