Médico y filósofo español de origen navarro, nacido hacia 1529 de familia hidalga en San Juan del Pie del Puerto, villa de la Baja Navarra, en aquellos tiempos española y actualmente francesa. Estudió en la Universidad de Alcalá de Henares (1553-1559), en cuyos libros de matrícula, de pruebas y de grados aparece siguiendo los cursos de medicina. Casó con doña Águeda de Velasco antes de 1564, con la cual tuvo seis hijos. El rey Felipe II le nombró médico vitalicio de Baeza en 1566, ciudad donde ejerció su magisterio a partir de 1571 y fue conocido como el doctor San Juan, estando avecindado en Linares, donde tuvo su casa principal. Debe su fama al Examen de ingenios para las ciencias (Baeza, Juan Bautista de Montoya, 1575). Con esta obra, Huarte se propuso mejorar la sociedad por medio de una adecuada educación de sus individuos, según sus aptitudes físicas e intelectuales. Para ello estudiaba los diferentes temperamentos humanos o teoría de los humores, e indicaba qué oficios o estudios podrían desempeñar mejor. Metodológicamente sigue una sistematización enciclopédica y de clasificación de los saberes. La importancia de esta obra para la historia de la medicina y la psicología es extraordinaria; prueba de ello es su pronta difusión en España, y que se tradujera rápidamente y con gran éxito por toda Europa. La obra tuvo problemas con la Inquisición, estando incluida en el catálogo de libros prohibidos en Portugal en 1581, fecha en que desaparecen las ediciones españolas, aunque continuaron en el extranjero. En 1583 se incluyó en el índice de libros prohibidos en España y en el índice de libros expurgados en 1584, lo que llevó a una nueva edición corregida en 1594. Es posible ver en ella, además, el germen de dos grandes obras de Miguel de Cervantes: Don Quijote y El licenciado Vidriera.