Nació en Fregenal de la Sierra (Badajoz). Cursó estudios de teología (con Andrés de la Cuesta), medicina (con Pedro de Mena) y filología (con Fernando Díaz), todo ello en la Universidad de Alcalá. Aprendió latín, griego, árabe, hebreo y siríaco, lenguas a las que añadió el flamenco, alemán, francés, italiano y portugués; fue un destacado orientalista y políglota. En 1559 tuvo problemas con la Ley por su presunta condición de converso. Ingresó en 1560 en la Orden de Santiago de los Caballeros, tomando los hábitos de sacerdote en el convento de San Marcos de León. Se sabe que era amigo de judíos conversos y admiraba el mundo hebreo. Conoció e intimó con Fray Luis de León. Tomó parte en el Concilio de Trento en 1562. Fue director de la Biblia Políglota Regia o de Amberes (1569-1572), obra que superó en el tratamiento textual a la Biblia Políglota Complutense impulsada por el Cardenal Cisneros. Entre sus obras destacan el Dictatum Christianum, Rhetoricum libri IV (1569), Monumenta humanae salutis (1571), colección de setenta y una odas, Hymni et saecula (1593), Liber generationis Adam (1593), y su segunda parte, Historia Naturae, escrita en 1594 y publicada en 1601. En 1566 fue capellán de Felipe II y consejero secreto del rey en los asuntos de Flandes y Portugal. Al volver a España, ordenó la biblioteca del monasterio de El Escorial. En 1584 renunció a sus cargos en la Corte y se fue a Sevilla, donde murió el 6 de julio de 1598.