Secretario del rey Felipe II (1567-1579), promotor de la Leyenda Negra que corre en torno al rey prudente. Pérez fue legitimado por Carlos I en 1542 como hijo de Gonzalo Pérez, uno de sus más prestigiosos secretarios y posteriormente de Felipe II. Tras la legitimación, Antonio fue llevado a las tierras de Ruy Gómez de Silva, príncipe de Éboli, donde se crió hasta iniciar su formación, que se cuidó especialmente, ya que estudió en las más prestigiosas universidades europeas: Alcalá, Salamanca, Lovaina y Padua. Su mentor, Éboli, le requirió para su traslado a la corte, donde inició su formación política de mano de su padre; cuando éste murió, en abril de 1566, Antonio asumió los asuntos italianos. Su esmerada formación, inteligencia y su conocimiento de los asuntos de Estado, especialmente de la política internacional, le sirvieron para ejercer una gran influencia en Felipe II, posición que se tradujo en una estrecha relación con la nobleza y el clero, además de vivir ostentosamente. Será uno de los más destacados miembros del partido ebolista, enfrentado con el otro grupo de poder en la corte, el de los partidarios del duque de Alba. Consigue del monarca colocar a Juan de Escobedo, un hombre de su entorno, para controlar a don Juan de Austria, pero éste abandonó pronto al secretario para apoyar las opiniones de don Juan, enviado como Gobernador General a los Países Bajos. El enfrentamiento con Escobedo provocará la caída de Pérez, ya que convenció al rey de que Escobedo era el instigador de una posible traición de don Juan, por lo que se decidió su eliminación. Este error político fue aprovechado por los enemigos de Pérez, que encendieron la sombra de la duda en Felipe. Se inició una investigación en la que se descubrió la culpabilidad del secretario. Felipe relevaba a Pérez por Granvela y Antonio era detenido y encarcelado el 28 de julio de 1579. La causa por la que Pérez era enjuiciado se limitaba a asuntos de corrupción, sin profundizar en el asesinato. El proceso se prolongó en el tiempo y Pérez fue condenado a dos años de cárcel y diez de destierro pero, simultáneamente, se inició el proceso por el asesinato de Escobedo que acabó con la acusación formal y la tortura del reo. En 1590 se refugió en Aragón, acogiéndose al derecho foral. El rey no podía enjuiciar en Aragón a un reo que hubiera cometido su crimen en Castilla, por lo que empleó el único tribunal que tenía competencias en todo el territorio peninsular: la Santa Inquisición. Pérez fue acusado de herejía y se intentó trasladar a la cárcel inquisitorial, lo que provocó una revuelta en Zaragoza. Pérez consiguió huir a Francia y Felipe enviaba un ejército a Aragón que ponía fin a los disturbios. Una vez en territorio galo, Pérez recibió el apoyo de Enrique IV, al poner en manos de éste atractivos proyectos desestabilizadores para España. El fracaso de los intentos de invasión francesa motivó el traslado de Pérez a Inglaterra, donde también contó con importantes ayudas, ofreciendo interesante información que sirvió para el ataque inglés a Cádiz en 1596. La paz de Vervins (1598) supuso el final diplomático de Pérez, dedicándose a la escritura, publicando dos importantes obras que tuvieron un destacado efecto negativo en la figura de Felipe II: las Relaciones y las Cartas. Tras intentar obtener el perdón hispano en numerosas ocasiones, siempre con un resultado negativo, Pérez falleció en París el 7 de abril de 1615.