Uno de los personajes más controvertidos del reinado de Felipe II es su propio hijo, el príncipe don Carlos. Su madre, María Manuela de Portugal, falleció a los cuatro días del alumbramiento, que tuvo lugar el 8 de julio de 1545 en Valladolid. El pequeño Carlos, como todos los príncipes e infantes de España, fue amamantado hasta los dos años, llegando tres de sus nodrizas a fallecer. Con siete años tuvo a su primer preceptor, Honorato Juan, quien consiguió que el joven se entusiasmara, durante breve tiempo, con sus lecciones. Con doce practicaba los deportes de moda y solía montar a caballo. De carácter enfermizo, don Carlos se trasladó por recomendación médica a Alcalá de Henares, donde estudió junto a Alejandro Farnesio y don Juan de Austria. En esta ciudad le ocurrió un suceso que casi acaba con su vida: enamorado de una hija de la portera de palacio, una noche descendió las escaleras de servicio con tanto ímpetu que trastabilló y cayó de cabeza. Las fiebres fueron muy altas y se le llegó a realizar una trepanación. A los diecinueve años ocupó una plaza en el Consejo de Estado debido a sus ansias de ocupar un cargo público. Pronto se pensó en casar al príncipe, eligiéndose varias candidatas y concretando en doña Ana de Austria, futura esposa de Felipe II. Pero la cuestión de la boda se dilataba cada vez más y don Carlos manifestaba mayores ansias de adquirir un territorio donde gobernar. Esa es la cuestión que se apunta como la culpable de la presunta traición que le llevó al encarcelamiento y la muerte. Se obsesionó con la huida a un país lejano y fue traicionado por don Juan de Austria, quien rebeló al rey los planes de don Carlos. El 18 de enero de 1568 don Carlos fue encerrado en una torre del Alcázar de Madrid. Desde ese momento, el príncipe sólo concibió una idea: poner fin a su vida, lo cual logró el 24 de julio de 1568. Con su fallecimiento se abría una página de la Leyenda Negra, ya que los enemigos de Felipe II se aprestaron a acusarle de la muerte de su hijo, lanzando la calumnia de una relación entre el príncipe y doña Isabel de Valois, esposa del monarca.