El Colegio Mayor de San Ildefonso y su edificio representan la idea y casi el cuerpo de la Universidad de Alcalá, no sólo por su preeminencia arquitectónica, sino porque en las constituciones dadas por Cisneros en el año 1510 se señala que el rector del Colegio Mayor lo será también de la Universidad. Puede decirse que la Teología fue la especialidad de referencia de la Universidad de Alcalá, siendo la Medicina la otra gran enseñanza impartida en el Colegio Mayor. Su fundador, Cisneros, no llegó nunca a ver la fachada actual del edificio emblema de la Universidad. Fue durante los años 1537 a 1553 cuando se cubre con piedra la fachada original construida en ladrillo. La obra se debe a Rodrigo Gil de Hontañón y se encuentra entre las mejores representaciones del estilo que durante el renacimiento se denominó plateresco. En la actualidad, tiene su sede en él el rectorado de la Universidad.