Fue edificada en el año 1255. Su actual nombre se debe a que en el año 1581 el licenciado Juan López de Úbeda fundó en ella un seminario para niños sobre doctrina cristiana. En la actualidad es sede de la Cofradía del Cristo de los Doctrinos. En su interior, y presidiendo la capilla, se encuentra la imagen en madera del llamado Cristo de la Misericordia o también conocido como Cristo Universitario, por ser a quien se encomiendan los estudiantes en época de exámenes. Ha sido objeto de una reconstrucción integral por la Escuela Taller de la Universidad.