Fue fundado a finales del siglo XV por el Cardenal Cisneros como monasterio para monjas franciscanas, colegio de doncellas y hospital de mujeres. En el año 1884 la institución fue trasladada a su actual sede, en el antiguo colegio de Agustinos Descalzos. Las monjas Juanas fueron testamentarias del Cardenal Cisneros, lo que ha permitido que desde su muerte atesoren objetos y recuerdos como el báculo y el pectoral cardenalicio.