La única en el mundo con título de Magistral además de la Iglesia de San Pedro, en la también antigua ciudad universitaria de Lovaina, Bélgica. Esto significaba que dos tercios de su Cabildo debían estar integrados por doctores universitarios, siendo además elegidos por la propia Universidad. En el año 1514 se terminan las obras del templo tal y como se conoce en la actualidad, contemplándose en sus formas la impronta de un estilo gótico tardío que anuncia la inminencia del Renacimiento. En el año 1519 adquiere el título de Magistral y en 1991, el de Catedral, tras la creación del Episcopado Complutense.