Tras una primera fundación en 1518, fue refundado y edificado en su actual ubicación a partir del año 1533. Sin embargo, las obras de ejecución de la iglesia no comenzaron hasta el año 1624. En la portada se puede apreciar el escudo de doña Juana de Austria, hermana de Felipe II y protectora del colegio. Entre los profesores de este colegio encontramos el nombre de Fray Luis de León. Desde el año 1989 es sede de los Juzgados de Alcalá.