Doña Juana de Mendoza compra en el año 1562 unas casas cercanas al Palacio Arzobispal con la intención de fundar un monasterio de dominicos bajo la advocación de la Madre de Dios. Tras sucesivas obras de ampliación, los trabajos de la capilla mayor de la iglesia se concluyen en 1688, pero la totalidad de la nave sólo pude verse terminada a principios del siglo XVIII. En el año 1698 se incorpora a la Universidad como colegio. En el año 1882, tras la desamortización y pasar a propiedad del Ayuntamiento es cedido para su uso como Juzgados y cárcel. En la actualidad es sede del Museo Arqueológico Regional.