La antigua capilla universitaria se encuentra aneja al Colegio Mayor del mismo nombre. El diseño es obra del arquitecto Pedro Gumiel, mientras que la construcción de la fachada, de sillería, fue realizada por Juan Ballesteros entre los años 1599 y 1601. En el interior de la nave se halla el sepulcro del Cardenal Cisneros, iniciado por el escultor Domenico Fancelli, autor también del de los Reyes Católicos, e inspirado en el de éstos últimos. El sepulcro fue acabado en el taller de Bartolomé Ordóñez, por lo que mezcla el estilo barroco con el gótico de su predecesor. En contra de lo que podría pensarse, los restos mortales de Cisneros, muerto en el año 1517, no descansan en la actualidad en el sepulcro, sino en la Iglesia Catedral-Magistral, donde, como se puede apreciar en la fotografía última, también estuvo en su día emplazado el sepulcro.