Fue fundado en el año 1660. La iglesia, de influencia oriental, destaca entre el conjunto arquitectónico del edificio. La portada de la iglesia, barroca, data del año 1725 y se atribuye a Pedro de Rivera. En la actualidad pertenece a la Universidad de Alcalá, que lo adquirió con miras a destinarlo tras previa restauración a Colegio Mayor de Postgrado y Fundación de Altos Estudios Musicales. La iglesia sirve de auditorio desde el año 1996.